治疗HPV感染的药物主要包括局部外用药物和口服药物。
局部外用药物常用的有细胞毒性药物，如博来霉素，这是一种非特异性药物，属于水溶类碱性糖肽抗生素混合物，适用于高危HPV感染的患者。另外，维A酸类药物也可以涂抹在出现的疣体上。
口服药物主要以抗病毒和调节免疫功能的药物为主，如匹多莫德、干扰素等。
这些药物属于广谱的抗病毒药物，可以在一定程度上阻断病毒mRNA，同时也具有一定的抗感染作用，适用于绝大多数HPV感染患者。另外，胸腺肽肠溶片也是一种可以提高免疫力的药物，有助于清除HPV。
除此之外，还有一些中药也可以用于治疗HPV感染，如牡蛎、夏枯草、败酱草、赤芍、苡仁、山豆根、木贼、香附等为主要成份煎服。洗剂方面，可用1:高锰酸钾溶液洗患处。
需要注意的是，治疗HPV感染的药物需要在医生的指导下使用，不建议患者自行购买和使用。